Pada saat anak-anak ninja telah dilatih untuk waspada dan dididik dalam kerahasiaan dan tradisi ilmu mereka. Pada umur 5-6 tahun mereka diperkenalkan dengan permainan ketangkasan dan keseimbangan tubuh. Anak-anak disuruh berjalan diatas papan titian yang sangat keci, mendaki papan yang terjal, dan melompati semak-semak yang berduri. Pada umur 9 tahun mereka dilatih untuk kelenturan otot. Anak-anak berlatih berguling dan meloncat. Setelah itu anak-anak diajarkan teknik memukul dan menendang pada target jerami yang di ikat. Setelah itu pelatihan meningkat ke seni bela diri tanpa senjata dan setelahnya dasar-dasar menggunakan pedang dan tongkat.

Pada masa remaja mereka diajari cara menggunakan senjata khusus. Melempar pisau, penyembunyian senjata, teknik tali, berenang, taktik bawah air, dan teknik menggunakan alam untuk mendapat informasai atau untuk menyembunyikan diri. Waktu mereka dihabiskan dalam ruang tertutup atau bergelantungan di pohon untuk membangun kesabaran, daya tahan, dan stamina. Terdapat pula latihan gerak tanpa suara dan lari jarak jauh. Mereka juga diajarkan teknik melompat dari pohon ke pohon atau atap ke atap.

Pada masa akir remaja ninja belajar menjadi aktor dan psikologi melalui tingkah laku mereka sendiri dan orang-orang di sekitarnya. Mereka mulai mengerti cara bekerja jiwa manusia, menggunakan kelemahan orang lain untuk keuntungan mereka. Mereka juga belajar membuat obat-obatan, mendapatkan jalan masuk rahasia ke dalam sebuah bangunan, cara memanjat dinding, melewati atap, mencuri di bawah rantai, mengikat musuh, cara kabur, dan menggambar peta, rute, petunjuk jalan, serta wajah.

Ada 18 tingkat ilmu dan seni berperang ninjutsu dari banyak keahlian yang dimiliki oleh ninja yang dapat dipelajari oleh umum pada saat ini. Selebihnya di luar keterampilan fisik dan penguasaan jiwa, para pendekar ini harus mempelajari latihan batin. Setelah menguasai level ini, ninja bisa sangat ahli dan bahkan dianggap sebagai orang bijak atau dukun, karena kemampuannya menyatu dengan alam dan siklus di sekitarnya.

Delapan belas keahlian tersebut adalah:
1. seishin teki kyoyo (pemurnian jiwa)
ninja aliran tokakure sangat mengandalkan pengenalan jati diri. Seorang ninja harus mengetahui dengan tepat komitmen dan motivasi hidupnya. Dengan pemahaman dan penghayatan terhadap proses pematangan seorang ninja bisa menjadi seorang pendekar yang bijak. Keterlibatan ninja dalam pertarungan dimotivasi oleh alasan untuk melindungi. Tidak dibenarkan jika alasannya semata-mata hanya karena uang.

2. tai jutsu (bertarung dengan tangan kosong)
paduan dari ilmu daken taijutsu(pukul, tendng, tangkis), ju taijutsu(gumul, mencekik, meloloskan dari kuncian), taihen jutsu(gerak tanpa suara, berguling, melompat, cara jatuh). Keterampilan ini di perlukan pada situasi terancam atau bertahan

3. ninja ken (pedang ninja)
pedang ninja adalah pedang pedek lurus bermata tunggal. Pedang adalah senjata utama ninja. Untuk menggunakan pedang dituntut dua keahlian utama yaitu ilmu menarik pedang (dg kecepatan namun halus gerakannya ) sekaligus mengayun untuk memotong.

4. bo jutsu (jurus tongkat dan bilah)
ada 2 jenis tongkat, tongkat panjang sekitar 2 meter(bo) dan tongkat pendek sekitar satu meter(hanbo). Ada lagi senjata dari bilah bambu yang bila di buka di dalamnya ada mata pedang yang sekilas tampak seperti tongkat biasa.

5. shuriken jutsu (senjata lempar)
ilmu lempar berupa lempeng baja dengan mata tajam bersisi empat seperti bintang(senban shuriken) atau paku lempar(bo shuriken). Senban shuriken dilempar dengan cara dipuntir agar bisa menancap dan memberi efek gergaji. Bo shuriken dilempar bersamaan beberapa buah sehingga terlihat seperti kilatan jarum.

6. yari jutsu(jurus tombak)
tombak digunakan untuk pertarungan jarak sedang untuk menangkis dan meredam serangan lawan.

7. naginata jutsu(jurus pedang bertongkat)
pedang pendek yang gagangnya dibuat panjang seukuran tombak. Digunakan ninja untuk memotong lawan yang berada dalam jarak sedang. Bisa digunakan untuk menyerang samurai dan merobohkan tentara berkuda.

8. kusari gama (jurus rantai dan bandul)
berupa rantai sepanjang 2-3 meter yang diberi bandul pada salah satu ujungnya. Pada ujung yang lain dikaitkan pada gagang arit tradisional jepang. Rantai digunakan untuk menangkis serangan senjata lawan.sedangkan bilah arit digunakan untuk menghabisi lawan yang sudah terjerat. Senjata rantai dan bandul yang disukai oleh para ninja aliran togakure adalah kyoketsu yaitu belati lengkung yang gagangnya dipasangi tali halus dari rambut kuda dan ujung tali satu lagi diberi cincin baja besar.

9. henso jutsu (ilmu menyamar dan membaur)
ilmu ini sangat diperlukan pada saat spionase. Ninja membuat identitas palsu dan mengalihkan perhatian orang. Ninja juga bergerak tanpa bisa di lacak.

10. shinobi iri (ilmu mengintai dan menyusup)
ilmu ini mengajarkan bergerak tanpa suara dan bersembunyi di bawah bayangan.

11. ba jutsu
seorang ninja harus bisa bertempur di atas kuda selain menunggang kuda dengan baik di segala medan.

12. sui ren (ilmu tempur dalam air)
meliputi teknik mengintai dengan cara berenang, bergerak tanpa suara dalam air, cara menggunakan perahu khusus untuk mengapung dalam air, dan teknik perkelahian dalam air.

13. bo ryaku (ilmu strategi)
ilmu taktik yang tak lazim digunakan dalam kondisi bertahan atau pertarungan terbuka. Ninja sering memanfaatkan kondisi sekitarnya untuk melaksanakan tugasnya, tanpa banyak mengeluarkan energi.

14. cho ho (ilmu spionase)
ilmu mata-mata termasuk merekrut dan memakai orang yang digunakan sebagai mata-mata.

15. inton jutsu (teknik meloloskan diri dan menghilang)
ninja pandai meloloskan diri dengan memanfaatkan keadaan alam yang ada.

16. ten mon (meteorologi)
memanfaatkan cuaca juga merupakan senjata utama ninja. Sejak kecil mereka dilatih mengendalikan cuaca dari tanda-tanda alam yang kecil.

17. chi mon (geografi)
teknik pemanfaatan lahan.

Ninja diharuskan untuk bisa bertahan hidup di tengah alam, karena itu mereka menjadi terlatih secara alamiah untuk mampu membedakan tumbuhan yang bisa dimakan, tumbuhan racun, dan tumbuhan obat. Mereka memiliki metode cerdik untuk mengetahui waktu dan mata angin. Ninja menggunakan bintang sebagai alat navigasi mereka ketika menjalankan misi di malam hari.mereka juga mahir memasang perangkap, memasak hewan, membangun tempat berlindung, menemukan air dan membuat api.

Ninja memakai baju yang menutup tubuh mereka kecuali telapak tangan dan seputar mata. Baju ninja ini disebut shinobi shozoko. shinobi shozoko memiliki 3 warna. Baju warna hitam biasanya dipakai ketika melakukan misi di malam hari dan bisa juga sebagai tanda kematian yang nyata bagi sang target. Warna putih digunakan untuk misi di hari bersalju. Warna hijau sebagai kamuflase agar mereka tidak terlihat dalam lingkungan hutan.

Shinobi shozoko memiliki banyak kantong di dalam dan luarnya. Kantong ini digunakan untuk menyimpan peralatan kecil dan senjata yang mereka butuhkan, seperti racun, shuriken, pisau, bom asap dan lain-lain. Ninja juga membawa kotak P3K kecil tradisional, yang diisi dengan cairan dan minuman. Ninja juga memakai tabi yang mirip sepatu boot. Celah yang memisahkan jempol kaki dengan jari lainnya memudahkan ninja saat memanjat tali atau dinding.

Ninja wanita atau kunoichi yang biasanya bekerja dengan menggunakan kefemininan mereka ketika melakukan pendekatan pada sang target menggunakan manipulasi kejiwaan dan perang batin sebagai senjata mereka. mereka bisa mendekati target dan membunuhnya tanpa jejak. Kunoichi memiliki misi yang berbeda dengan ninja laki-laki. Mereka lebih sering dekat dengan target, sehingga mereka juga lebih sering menggunakan senjata jarak dekat seperti metsubishi, racun, golok, tali, dan tessen. Selain itu senjata-senjata tersebut juga praktis dibawa tanpa kelihatan.

Ninja memiliki senjata dalam berbagai jenis, bentuk, dan ukuran. Selain senjata standar seperti pedang, naginata, panah, dan pisau, ada pula tessen (kipas yang bila dikibaskan keluar racun), shobo, kyoketsu shogei, neko te, dan lain-lain. Peralatan canggih ninja lainnya adalah kaginawa(jangkar bertali) untuk memanjat dinding, ashiaro untuk membuat jejak kaki palsu agar tidak terlacak saat menjalankan misi, metsubishi(cangkang telur yang diisi dengan pasir dan serbuk logam, biasanya juga kotoran tikus) yang berfungsi untuk membutakan lawan.

Gerakan beladiri ninjutsu hanya tendangan, lemparan, patahan, dan serangan. Kemudian dilengkapi dengan teknik pertahanan diri seperti bantingan, rolling dan teknik bantu seperti meloloskan diri, mengendap, dan teknik khusus lainnya. Namun, dalam prakteknya ninja menghindari kontak langsung dengan lawannya, oleh karena itu berbagai alat lempar, lontar, tembak, dan penyamaran lebih sering digunakan. Berbeda dengan seni beladiri lain. Ninjutsu mengajarkan teknik spionase, sabotase, melumpuhkan lawan, dan menjatuhkan mental lawan. Ilmu tersebut digunakan untuk melindungi keluarga ninja mereka. Apa yang dilakukan ninja memang sulit dimengerti. Pada satu sisi harus bertempur untuk melindungi, di sisi lain ninja harus menerapkan “berperilaku kejam dan licik” saat menggunakan jurus untuk menghadapi lawan. Disisi lain ajaran ninpo memberi petunjuk bahwa salah satu tujuan ninjutsu adalah mengaktifkan indra keenam mereka. paduan intuisi dan kekuatan fisik pada jangka waktu yang lama memungkinkan para ninja untuk mengaktifkan indra keenamnya. Sehingga dapat mengenal orang lain dengan baik dan mengerti berbagai persoalan dalam berbagai disiplin ilmu.

Di dalam ninpo terdapat teknik beladiri tangan kosong (taijutsu), teknik pedang (kenjutsu), teknik bahan peledak dan senjata api (kajutsu), teknik hipnotis (saimonjutsu), dan teknik ilusi(genjutsu). Pada aliran togaku ryu dikenal adanya energi yang disebut kuji kiri. Prinsipnya adalah penggabungan antara kekuatan fisik dan mental. Penyaluran energi yang tepat dari tenaga kuji kiri dapat bersifat menghancurkan, namun disisi lain jika digunakan untuk olah pikir dapat digunakan untuk menyelesaikan persoalan yang pelik.

Ninjutsu akan sia-sia jika ninja tidak memiliki mental dan spiritual yang kuat. Untuk itu ninja harus menguasai kuji-in, yaitu kekuatan spiritual dan mental berdasarkan simbol yang terdapat di telapak tangan yang dipercaya menjadi saluran energi. Simbol di tangan di ambil dari praktek pada massa awal penyebaran agama budha. Kuji-in digunakan untuk membangun kepercayaan diri dan kekuatan seorang ninja. Kuji-in mampu meningkatkan kepekaan terhadap keadaan bahaya dan mendeteksi adanya kematian.

Dari 81 simbol yang ada, hanya 9 yang utama, yaitu rin(memberi kekuatan tubuh), hei (memberi kekuatan menyamarkan kehadiran seseorang), Toh (menyeimbangkan bagian padat dan cair pada tubuh), sha (kemampuan menyembuhkan), kai(memberi kontrol menyeluruh terhadap fungsi tubuh), jin(meningkatkan kekuatan telepati), retsu (memberi kekuatan telekinetik), zai (meningkatkan keselarasan terhadap alam), dan zen (memberi pencerahan pikiran dan pemahaman). Seorang ninja akan menjadi master sejati dengan menguasai simbol-simbol ini.

Walaupun terdapat banyak keluarga ninja di jepang, baru sekitar tahun enam puluhan keluarga ninja baru dapat di dekati oleh orang luar. Sejak ninja dinyatakan terlarang oleh shogun tokugawa pada abad 17. pada tahun 1950 larangan tersebut dicabut oleh pemerintah Jepang. Pada tahun 1960 televisi jepang menayangkan laporan dokumentasi dan sejarah ninja. Setelah itu salah satu aliran yang dapat membuka diri dan memperkenalkan ninja ke dunia luar adalah aliran togakure-ryu dengan pewaris dari generasi ke 34, masaaki hatsume,.yang profesi sehari-harinya adalah seorang tabib ahli penyembuhan dan pengobatan tulang. Pada tahun 1978 ninjutsu berhasil di publikasikan dan diajarkan ke amerika oleh stephen k. hayes. Sejak saat itu ninjutsu menjadi cabang beladiri yang paling banyak diminati.

Kemunculan ninja pada tahun 522 berhubungan erat dengan masuknya seni nonuse ke Jepang. Seni nonuse inilah yang membuka jalan bagi lahirnya ninja. Seni nonuse atau yang biasa disebut seni bertindak diam-diam adalah suatu praktek keagamaan yang dilakukan oleh para pendeta yang pada saat itu bertugas memberikan info kepada orang-orang di pemerintahan. Sekitar tahun 645, pendeta-pendeta tersebut menyempurnakan kemampuan bela diri dan mulai menggunakan pengetahuan mereka tentang nonuse untuk melindungi diri dari intimidasi pemerintah pusat.

Pada tahun 794-1192, kehidupan masyarakat jepang mulai berkembang dan melahirkan kelas-kelas baru berdasarkan kekayaan. Keluarga kelas ini saling bertarung satu sama lain dalam usahanya menggulingkan kekaisaran. Kebutuhan keluarga akan pembunuh dan mata-mata semakin meningkat untuk memperebutkan kekuasaan. Karena itu permintaan akan para praktisi nonuse semakin meningkat. Inilah awal kelahiran ninja. Pada abad ke-16 ninja sudah dikenal dan eksis sebagai suatu keluarga atau klan di kota Iga atau Koga. Ninja pada saat itu merupakan profesi yang berhubungan erat dengan itelijen tingkat tinggi dalam pemerintah feodal para raja di jepang. Berdasarkan hal itu, masing-masing klan memiliki tradisi mengajarkan ilmu beladiri secara rahasia dalam keluarganya saja. Ilmu beladiri yang kemudian dikenal dengan nama ninjutsu. Dalah ilmu yang diwariskan dari leluhur mereka dan atas hasil penyempurnaan seni berperang selama puluhan generasi. Menurut para ahli sejarah hal itu telah berlangsung selama lebih dari 4 abad. Ilmu itu meliputi falsafah bushido, spionase, taktik perang komando, tenaga dalam, tenaga supranatural, dan berbagai jenis bela diri lain yang tumbuh dan berkembang menurut jaman.

Namun ada sebuah catatan sejarah yang mengatakan bahwa sekitar abad ke-9 terjadi eksodus dari cina ke jepang. Hal ini terjadi karena runtuhnya dinasti tang dan adanya pergolakan politik. Sehingga banyak pengungsi yang mencari perlindungan ke jepang.sebagian dari mereka adalah jendral besar, prajurit dan biksu. Mereka menetap di propinsi Iga, di tengah pulau honsu. Jendral tersebut antara lain Cho Gyokko, Ikai Cho Busho membawa pengetahuan mereka dan membaur dengan kebudayaan setempat. Strategi militer, filsafat kepercayaan, konsep kebudayaan, ilmu pengobatan tradisional, dan falsafah tradisional. Semuanya menyatu dengan kebiasaan setempat yang akhirnya membentuk ilmu yang bernama ninjutsu.

Shinobi atau Ninja( Seseorang yang bergerak secara rahasia ) adalah seorang pembunuh yang terlatih dalam seni ninjutsu jepang. Ninja, seperti samurai, mematuhi peraturan khas mereka sendiri, yang disebut ninpo. Menurut sebagian pengamat ninjutsu, keahlian seorang ninja bukanlah pembunuhan tetapi penyusupan. Ninja berasal dari bahasa Jepang yang berbunyi Nin yang artinya menyusup. Jadi, keahlian khusus seorang ninja adalah menyusup dengan atau tanpa suara. Kagetora, Naruto, Ninja Rantaro, adalah contoh kecil manga yang mengangkat ninja sebagai tema utamanya. Apa ninja itu? Sama seperti yang dikisahkan dalam berbagai cerita bahwa ninja itu penuh rahasia. Ninja biasanya segera dikaitkan dengan sosok yng terampil beladiri, ahli menyusup dan serba misterius seperti yang tampak di dalam film atau manga. Dalam kenyataannya penampilan ninja yang serba hitam ada benarnya, namun jika ada anggapan bahwa ninja identik dengan pembunuh brutal, berdarah dingin, pembuat onar, tukang sabotase, tidak demikian adanya.

Kata ninja terbentuk dari dua kata yaitu nin dan sha yang masing-masing artinya adalah tersembunyi dan orang. Jadi ninja adalah mata-mata profesional pada zaman feudal jepang. Sejarah ninja juga sangat sulit dilacak. Info mengenai keberadaan mereka tersimpan rapat-rapat dalam dokumen-dokumen rahasia. Ninja juga bisa diartikan sebagai nama yang diberikan kepada seseorang yang menguasai dan mendalami seni bela diri ninjutsu. Nin artinya pertahanan dan jutsu adalah seni atau cara. Kata ninja juga diambil dari kata ninpo. Po artinya adalah falsafah hidup atau dengan kata lain ninpo adalah falsafah tertinggi dari ilmu beladiri ninjutsu yang menjadi dasar kehidupan seorang ninja. Jadi ninja akan selalu waspada dan terintregasi pada prinsip ninpo.

Ninja dalah mata-mata profesionl di jaman ketika para samurai masih memegang kekuasaan tertinggi di pemerintahan jepang pada abad 12. Pada abad 14 pertarungan memperebutkan kekuasaan semakin memanas, informasi tentang aktifitas dan kekuatan lawan menjadi penting, dan para ninja pun semakin aktif. Para ninja dipanggil oleh daimyo untuk mengumpulkan informasi, merusak dan menghancurkan gudang persenjataan ataupun gudang makanan, serta untuk memimpin pasukan penyerbuan di malam hari.karena itu ninja memperoleh latiham khusus. Ninja tetap aktif sampai jaman edo (1600-1868), dimana akhirnya kekuasaan dibenahi oleh pemerintah di zaman edo.